Le musée archéologique de Réthymnon, est juste en face de l'entrée de la citadelle, avec des objets exposés qui datent de la période néolithique jusqu'à la période romaine et qui se trouvent à la région de Réthymnon. Des figurines en terre, des découvertes funéraires, des objets personnels, des statues, des colonnes funéraires, des pots, des vases en cuivre, des bijoux et des vases en verre, sont certains des objets exposés.
Le musée d'art moderne de Réthymnon, au 5 rue de Chimaras, sous la citadelle Fortetza, loge une collection permanente de l'art grec moderne et local. De 1995 la galerie et la ville de Réthymnon font partie du réseau national de culture, qui est établi pour la promotion des arts figuratifs modernes dans un cadre international. La pinacothèque organise régulièrement et accueille des expositions d'artistes grecs et étrangers.
Le musée historique et folklorique de Réthymnon, se loge dans un bâtiment vénitien restauré qui date du 17ème siècle, au 28-30 rue de M. Vernardou, juste après la mosquée Neratze. Le musée est une institution non lucrative, ayant comme but l'enquête, la sélection et la représentation de la vie rurale et urbaine unique et exceptionnelle des Crétois du 17ème siècle. Il loge une collection folklorique de la vie quotidienne, des objets ainsi que des œuvres d'art traditionnel, comme tissus, broderies, dentelles, céramiques, bijoux, outils d'agriculture, de vannerie, de traitement de métaux, des ustensiles. La collection historique est constituée de photos, de projets, de documents, de monnaies et d’armes.
Le musée paléontologique.Le temple Mastampa (la mosquée Veli Passa), avec l'architecture particulière de 9 coupoles, les 13 cellules continues, le «Prieuré» et son espace extérieur constitue un monument de la ville de Réthymnon. Il a été cédé au Musée d'histoire naturelle Goulandris M.H.N.G. d’après la décision du Ministère de la Culture. A partir de l'achèvement de la restauration et la réalisation de l'étude muséologique relative, il fonctionne en tant que musée paléontologique, annexe du M.G.F.I. en Crète.
La collection paléontologique de la municipalité de Réthymnon, cédé au musée, constitue la base de la matière. Le visiteur a l'occasion de connaître une partie importante de l’évolution de Crète, des changements géologiques et paléontologiques qu’il a subi au cours de 300 millions d'années. Des découvertes originales des mammifères endémiques à des représentations en taille réelle et à disposition anatomique encadrent la présentation. Parmi eux se distinguent des nains éléphants crétois, des nains hippopotames et les cerfs crétois polymorphes, en particulier le cerf porteur d’un bâton (Candiacervus ropalophorus), ce qui constitue aussi le logo du musée.
Dans le jardin de 2,5 km2 bien aménagé, on a déjà planté des arbres et des plantes qui prospèrent en Crète comme les platanes, les bigaradiers, les arbres de judée, les oliviers, les caroubiers, les palmiers crétois, les lauriers- rose et les lauriers ainsi que les buissons comme rosiers sauvages, arbousiers, lentisques, myrtes, lavande, dictame, osiers, romarin et lavande sauvage.
Le musée ecclésiastiqueloge l'ancienne montre de la cathédrale, des vêtements, des disques, des monnaies, etc.