Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Ρεθύμνου, ακριβώς απέναντι από την είσοδο του φρουρίου, εκθέτει αντικείμενα από τη νεολιθική έως τη ρωμαϊκή περίοδο, που βρέθηκαν στον νομό του Ρεθύμνου. Πήλινα γλυπτά, ταφικά μνημεία, κτερίσματα, αγάλματα, επιτύμβιες στήλες, ερυθρόμορφα αγγεία, χάλκινα αγγεία, κοσμήματα και γυάλινα αγγεία είναι μερικά από τα αντικείμενα που εκτίθενται.
Το Κέντρο Σύγχρονης Τέχνης του Ρεθύμνου στην οδό ό Χειμμάρας 5, κάτω από τη Φορτέτσα, φιλοξενεί μια μόνιμη συλλογή σύγχρονης τοπικής και ελληνικής τέχνης. Από το 1995, η γκαλερί και η πόλη του Ρεθύμνου έγιναν μέρος του Εθνικού Πολιτιστικού Δικτύου, που στήθηκε για την προώθηση των σύγχρονων εικαστικών τεχνών σε διεθνές πλαίσιο. Η γκαλερί τακτικά οργανώνει ή φιλοξενεί εκθέσεις Ελλήνων και ξένων καλλιτεχνών.
Το Ιστορικό και Λαογραφικό Μουσείο του Ρεθύμνου, στο αναπαλαιωμένο του 17ου αιώνα βενετσιάνικο κτίριο, στην οδό Μ. Βερνάρδου 28-30, αμέσως μετά τον Νερατζέ μιναρέ. Το μουσείο είναι μια μη κερδοσκοπική ιδρυματική ένωση που στοχεύει στην έρευνα, συλλογή και αναπαράσταση της μοναδικής και εξαιρετικής αγροτικής και αστικής ζωής του λαού της Κρήτης από τον 17ο αιώνα και έπειτα. Φιλοξενεί μια λαογραφική συλλογή από αντικείμενα καθημερινής ζωής, καθώς και έργα παραδοσιακής τέχνης, όπως υφαντική, κεντήματα από δαντέλα, κεραμικά, κοσμήματα, γεωργία, καλαθοπλεκτική, μεταλλουργία, εργαλεία σιδηρουργού και μαγειρική. Η ιστορική συλλογή περιλαμβάνει φωτογραφίες, σχέδια, έγγραφα, νομίσματα και όπλα.
Το Παλαιοντολογικό Μουσείο. Το Τζαμί του Παλαιού Πασά, με την περίεργη αρχιτεκτονική που αποτελείται από 9 θόλους και 13 παρακείμενα κελιά, το "Priory" και το περιβάλλον του αποτελούν καθαυτά ένα μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. από το Υπουργείο Πολιτισμού. Σήμερα χρησιμεύει ως Παλαιοντολογικό Παράρτημα Μ.Γ.Φ.Ι. Κρήτης.
Η παλαιοντολογική συλλογή του Δήμου Ρεθύμνου, εκχωρημένη στο Μουσείο, αποτελεί τη βάση των πραγμάτων. Οι επισκέπτες έχουν την ευκαιρία να γνωρίσουν ένα σημαντικό μέρος της εξέλιξης της Κρήτης, των γεωλογικών και παλαιοντολογικών αλλαγών που υπέστησαν σε μακροπρόθεσμη βάση 300 εκατομμύριων χρόνων. Αρχικά ευρήματα ενδημικών θηλαστικών σε αναπαραστάσεις πραγματικού μεγέθους και ανατομικής διάταξης περιβάλλουν την παρουσίαση. Ξεχωρίζουν οι κρητικοί νάνοι ελέφαντες, ιπποπόταμοι και μικρά πολυμορφικά ελάφια, ιδιαίτερα το κορυνοειδές ελάφι Ρεθύμνου (Candiacervus ropalophorus), που αποτελεί το λογότυπο του μουσείου.
Σε κατάλληλα διαμορφωμένο κήπο 2,5 στρεμμάτων ήδη φυτεμένα δέντρα και φυτά που ακμάζουν στην Κρήτη, όπως πλατάνια, αγριοκέρασα, κουτσουπιές, ελιές, χαρουπιές, κρητικές φοίνικες, λεύκες και θάμνοι όπως αγριοτριανταφυλλιές, κουμαριές, μαστιχόδεντρα, μυρτιές, λεβάντες, δίκταμος, βαμβάκι, δενδρολίβανο και αγριολεβάντα.
Το Εκκλησιαστικό Μουσείο φιλοξενεί το παλιό ρολόι της καθεδρικής, είδη ένδυσης, δίσκους, νομίσματα, κλπ.