Η αρχή της μακράς ιστορίας του Ρεθύμνου χρονολογείται στη Νεολιθική περίοδο. Υπάρχουν ενδείξεις για την ύπαρξη της πόλης από τον 6ο - 5ο αιώνα π.Χ., όταν η πόλη ήταν σε ακμή. Ακολούθησαν δύσκολες περίοδοι με διάφορους κατακτητές: Δωριείς, Ρωμαίοι, Βενετοί, Τούρκοι και Γερμανοί ήταν οι πιο σημαντικοί κατακτητές.